Até a década de 60, as Associações Pestalozzi existentes no país atuavam de forma isolada na defesa dos direitos e assistência social à pessoa com deficiência. Em 1967, a professora Helena Antipoff percebeu que era o momento de iniciar um processo de união das entidades e começou desde então planejar a criação de uma Federação Nacional.

Em 28 de agosto de 1970 foi fundada a Federação Nacional das Associações Pestalozzi (Fenapestalozzi) pelas Associações Pestalozzi Minas Gerais, Rio de Janeiro, São Paulo, Resende (RJ) e Associação Pestalozzi do Brasil. Desde sua criação, a Fenapestalozzi participa de todas as ações e atividades realizadas em território nacional, auxiliando os movimentos que visam levar benefícios e facilitar a vida das pessoas com deficiência.

O crescimento da Federação foi rápido e gradual. Em 1972, eram oito entidades e em 1977 já contava com 25 afiliadas. Essa expansão continuou até atingir todos os estados brasileiros, passando a agrupar centenas de organizações afiliadas. Em 2010, a Fenapestalozzi transferiu a sede do Rio de Janeiro para a capital federal, Brasília. Desde então, intensificou as visitas às entidades que compõem a rede para conhecer a realidade local, assessorar, abrindo espaço para trocas de conhecimento e trabalhar assuntos relacionados à gestão, além de ampliar o diálogo com as afiliadas.

O objetivo da Fenapestalozzi é fortalecer as entidades que compõem a Rede Pestalozzi, visando a ampliação da assistência e inclusão social das pessoas com deficiência, transtornos globais do desenvolvimento, altas habilidades e suas famílias. Desde sua criação, a Federação Nacional possui um relevante papel nos avanços da legislação que beneficia as pessoas com deficiência e suas ações motivaram a criação de importantes órgãos públicos voltados ao cuidado dessas pessoas, por exemplo, a Campanha Nacional de Educação e Reabilitação de Deficientes Mentais (Cademe), a Coordenadoria Nacional para Integração da Pessoa com Deficiência (CORDE), a Secretaria de Educação Especial do Ministério da Educação, o Conselho Nacional dos Direitos da Pessoa com Deficiência (CONADE) e de inúmeros órgãos de âmbito estadual e municipal.